El Aeropuerto de Málaga, al igual que el resto de los aeropuertos de la red de Aena, realiza los controles preceptivos que establece la ley en los vuelos con origen o con destino Ceuta. Ceuta y Melilla tienen un régimen aduanero y fiscal diferente al resto de España y de la Unión Europea, lo que obliga a efectuar controles aduaneros a viajeros y mercancías con origen o destino a estas ciudades autónomas.
Concretamente, es el Acuerdo de adhesión del Reino de España al Convenio de aplicación del Acuerdo de Schengen, de 14 de junio de 1985, el que obliga a estos controles y el que cumple Aena escrupulosamente.
